Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pengetahuan perpajakan dan self assessment system terhadap kepatuhan merchant e-commerce. Populasi penelitian ini adalah merchant e-commerce di Tokopedia. Teknik pengambilan sampel ini menggunakan teknik purposive sampling, dengan total sampel yang diambil sebanyak 97 merchant e-commerce Tokopedia. Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah metode kuantitatif dengan menggunakan pendekatan deskriptif dan verifikatif. Hasil uji asumsi klasik menunjukan seluruh variabel penelitian berdistribusi normal, artinya telah memenuhi syarat sehingga dapat melanjutkan ke uji hipotesis yaitu Uji F dan Uji T. Hasil penelitian menunjukan bahwa secara simultan pengetahuan perpajakan dan self assessment system berpengaruh terhadap kepatuhan merchant e-commerce. Secara parsial pengetahuan perpajakan memiliki pengaruh yang signifikan terhadap kepatuhan merchant e-commerce. Sedangkan, self assessment system secara parsial tidak memiliki pengaruh yang signifikan terhadap kepatuhan merchant e-commerce.