PT Bio Farma (Persero) merupakan satu-satunya produsen vaksin di Indonesia dan terbesar di Asia Tenggara yang menerapkan proses green industry dalam setiap proses bisnisnya. Namun pada praktiknya terdapat beberapa hambatan yang timbul saat proses green industry terlebih dalam pengelolaan limbah hasil produksi vaksin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah proses rantai pasok yang dilakukan sudah sesuai dengan konsep manajemen rantai pasokan ramah lingkungan, mengetahui hambatan-hambatan dalam penerapan proses rantai pasokan dan kesesuaiannya dengan ISO 14001:2004 dan PROPER. Metode penelitian yang digunakan yaitu deskriptif dengan pendekatan kualitatif pengumpulan data dilakukan dengan cara wawancara, observasi, dan studi pustaka. Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan tools berupa flowchart dan check sheet. Berdasarkan hasil penelitian terdapat hambatan dalam proses green manufacturing yang disebabkan sistem pengendalian mesin yang rusak, pada proses green distribution disebabkan belum adanya penerapan green transport, dan reverse logistic yang disebabkan kurangnya tenaga ahli dalam proses pengelolaan limbah. Dari masalah tersebut dapat disimpulkan bahwa hambatan dalam proses manajemen rantai pasokan ramah lingkungan di PT Bio Farma (Persero) disebabkan oleh faktor manusia dan mesin.